Alignment Sekuens DNA Secara Online

waktu baca 2 menit
Senin, 24 Sep 2012 00:05 0 606 Mh Badrut Tamam
Jika pada postingan sebelumnya saya membahas pengertian alignment [silakan baca di sini], maka pada kesempatan kali ini saya akan memberi tutorial untuk meng-alignment suatu sekuens. Pada tutorial ini saya memberikan contoh cara sekuens DNA melalui situs EBI (European Bioinformatics Institute) sementara untuk alignment dengan menggunakan program seperti MEGA 4 dan PFE dapat dibaca di sini [Klik]
Baiklah kita akan belajar meng-aligment sekuens DNA yang sebelumnya silakan diambil dari GenBank (NCBI) dengan syarat jenis gen yang digunakan adalah sama, misal gen cyt b, ITS, kloroplas, dan lain-lain. Sebagai contoh saya menggunakan berbagai gen cyt b pada sub-spesies harimau (Panthera tigris) dengan accession number FJ465511.1; FJ465508.1; JF357971.1; JF357969.1; JF357973.1; FJ469625.2; dan JQ904290.1. Jika anda masih kesulitan untuk mencari gen di NCBI maka silkan copy gen yang berwarna biru berikut ini:
>Panthera_tigris_tigris_2
CTATGGTTTTACCCTGCTTGTGAGCCTGTATTTACATGATAATACTTAATGACCCACCAAACCCACGCAT
ATCACATGGTTAATCCCAGCCCATGGCCACTTACAGGGGCCCTTTCGGCCCTACTAATAACCTCAGGCCT
GGCTATATGATTTCACTATAACTCAATACTACTATTAACTCTAGGAATAACCACTAACCTATTGACTATA
TACCAATGGTGACGAGACATCATTCGGGAGAGCACATTCCAAGGCCACCACACACCCATTGTTCAAAAAG
GCCTCCGATACGGAATAATCCTTTTCATCATCTCAGAAGTATTCTTCTTCGCAGGTTTTTTCTGGGCCTT
CTATCACTCAAGCCTGGCCCCGACCCCCGAATTGGGAGGATGCTGGCCACCAACAGGTATTATTCCCCTA
AACCCCCTAGAAGTCCCACTACTCAATACTTCTGTGCTCTTAGCTTCCGGAGTGTCAATCACCTGAGCCC
ATCATAGCCTAATAGAAGGAAATCGAAAACACATGCTCCAAGCACTATTTATTACAATCTCCCTAGGAGT
CTATTTTACCCTCCTCCAAGCCTCTGAGTACTATGAAACATCATTTACAATCTCGGACGGAGTTTATGGG
TCCACCTTTTTCATAGCCACAGGGTTCCACGGACTACACGTAATTATTGGCTCTACCTTCCTAATCGTAT
GTTTCTTGCGCCAACTAAAATACCACTTCACATCGAGCCACCATTTTGGATTCGAAGCCGCTGCTTGATA
TTGACACTTCGTAGACGTAG
>Panthera_tigris_tigris_1
CTATGTTTTTACCCTGCTTGTGAGCCTGTATTTACATGATAATACTTAATGACCCACCAAACCCACGCAT
ATCACATGGTTAATCCCAGCCCATGGCCACTTACAGGGGCCCTTTCGGCCCTACTAATAACCTCAGGCCT
GGCTATATGATTTCACTATAACTCAATACTACTATTAACTCTAGGAATAACCACTAACCTATTGACTATA
TACCAATGGTGACGAGACATCATTCGGGAGAGCACATTCCAAGGCCACCACACACCCATTGTTCAAAAAG
GCCTCCGATACGGAATAATCCTTTTCATCATCTCAGAAGTATTCTTCTTCGCAGGTTTTTTCTGGGCCTT
CTATCACTCAAGCCTGGCCCCGACCCCCGAATTGGGAGGATGCTGGCCACCAACAGGTATTATTCCCCTA
AACCCCCTAGAAGTCCCACTACTCAATACTTCTGTGCTCTTAGCTTCCGGAGTGTCAATCACCTGAGCCC
ATCATAGCCTAATAGAAGGAAATCGAAAACACATGCTCCAAGCACTATTTATTACAATCTCCCTAGGAGT
CTATTTTACCCTCCTCCAAGCCTCTGAGTACTATGAAACATCATTTACAATCTCGGACGGAGTTTATGGG
TCCACCTTTTTCATAGCCACAGGGTTCCACGGACTACACGTAATTATTGGCTCTACCTTCCTAATCGTAT
GTTTCTTGCGCCAACTAAAATACCACTTCACATCGAGCCACCATTTTGGATTCGAAGCCGCTGCTTGATA
TTGACACTTCGTAGACGTAG
>Panthera_tigris_corbetti
ATGACCCACCAAACCCACGCATATCACATGGTTAATCCCAGCCCATGGCCACTTACAGGGGCCCTTTCGG
CCCTACTAATAACCTCAGGCCTGGCTATATGATTTCACTATAACTCAATACTACTATTAACTCTAGGAAT
AACCACTAACCTATTGACTATATACCAATGGTGACGAGACATCATTCGGGAGAGCACATTCCAAGGCCAC
CACACACCCATTGTTCAAAAAGGCCTCCGATACGGAATAATCCTTTTCATCATCTCAGAAGTATTCTTCT
TCGCAGGTTTTTTCTGGGCCTTCTATCACTCAAGCCTGGCCCCGACCCCCGAATTGGGAGGATGCTGGCC
ACCAACAGGTATTATTCCCCTAAACCCCCTAGAAGTCCCACTACTCAATACTTCTGTGCTCTTAGCTTCC
GGAGTGTCAATCACCTGAGCCCATCATAGCCTAATAGAAGGAAATCGAAAACACATGCTCCAAGCACTAT
TTATTACAATCTCCCTAGGAGTCTATTTTACCCTCCTCCAAGCCTCTGAGTACTATGAAACATCATTTAC
AATCTCGGACGGAGTTTATGGGTCCACCTTTTTCATAGCCACAGGGTTCCACGGACTACACGTAATTATT
GGCTCTACCTTCCTAATCGTATGTTTCTTGCGCCAACTAAAATACCACTTCACATCGAGCCACCATTTTG
GATTCGAAGCCGCTGCTTGATATTGACATTTCGTAGACGTGGTTTGACTGTTCTTATACGTTTCCATTTA
TTGATGAGGATCCT
>Panthera_tigris_sumatrae
ATGACCCACCAAACCCACGCATATCACATGGTTAATCCCAGCCCATGGCCACTTACAGGGGCCCTTTCGG
CCCTACTAATAACCTCAGGCCTGGCTATATGATTTCACTATAACTCAATACTACTATTAACTCTAGGAAT
AACCACTAACCTATTGACTATATACCAATGGTGACGAGACATCATTCGGGAGAGCACATTCCAAGGCCAC
CACACACCCATTGTTCAAAAAGGCCTCCGATACGGAATAATCCTTTTCATCATCTCAGAAGTATTCTTCT
TCGCAGGTTTTTTCTGGGCCTTCTATCACTCAAGCCTGGCCCCGACCCCCGAATTGGGAGGATGCTGGCC
ACCAACAGGTATTATTCCCCTAAACCCCCTAGAAGTCCCACTACTCAACACTTCTGTGCTCTTAGCTTCC
GGAGTGTCAATCACCTGAGCCCATCATAGCCTAATAGAAGGAAATCGAAAACACATGCTCCAAGCACTAT
TTATTACAATCTCCCTAGGAGTCTATTTTACCCTCCTCCAAGCCTCTGAGTATTATGAAACATCATTTAC
AATCTCGGACGGAGTTTATGGGTCCACCTTTTTCATAGCCACAGGGTTCCACGGACTACACGTAATTATT
GGCTCTACCTTCCTAATCGTATGCTTCTTGCGCCAACTAAAATACCACTTCACATCGAGCCACCATTTTG
GATTCGAAGCCGCTGCTTGATATTGACATTTCGTAGACGTGGTTTGACTGTTCTTATACGTTTCCATTTA
TTGATGAGGATCCT
>Panthera_tigris_altaica
ATGACCCACCAAACCCACGCATATCACATGGTTAATCCCAGCCCATGGCCACTTACAGGGGCCCTTTCGG
CCCTACTAATAACCTCAGGCCTGGCTATATGATTTCACTATAACTCAATACTACTATTAACTCTAGGAAT
AACCACTAACCTATTGACTATATACCAATGGTGACGAGACATCATTCGGGAGAGCACATTCCAAGGCCAC
CACACACCCGTTGTTCAAAAAGGCCTCCGATACGGAATAATCCTTTTCATCATCTCAGAAGTATTCTTCT
TCGCAGGTTTTTTCTGGGCCTTCTATCACTCAAGCCTGGCCCCGACCCCCGAATTGGGAGGATGCTGGCC
ACCAACAGGTATTATTCCCCTAAACCCCCTAGAAGTCCCACTACTCAATACTTCTGTGCTCTTAGCTTCC
GGAGTGTCAATCACCTGAGCCCATCATAGCCTAATAGAAGGAAATCGAAAACACATGCTCCAAGCACTAT
TTATTACAATCTCCCTAGGAGTCTATTTTACCCTCCTCCAAGCCTCTGAGTACTATGAAACATCATTTAC
AATCTCGGACGGAGTTTATGGGTCCACCTTTTTCATAGCCACAGGGTTCCACGGACTACACGTAATTATT
GGCTCTACCTTCCTAATCGTATGTTTCTTGCGCCAACTAAAATACCACTTCACATCGAGCCACCATTTTG
GATTCGAAGCCGCTGCTTGATATTGACATTTCGTAGACGTGGTTTGACTGTTCTTATACGTTTCCATTTA
TTGATGAGGATCCT
>Panthera_tigris_amoyensis
ATGACCCACCAAACCCACGCATATCACATGGTTAATCCCAGCCCATGGCCACTTACAGGGGCCCTTTCGG
CCCTACTAATAACCTCAGGCCTGGCTATATGATTTCACTATAACTCAATACTACTATTAACTCTAGGAAT
AACCACTAACCTATTGACTATATACCAATGGTGACGAGACATCATTCGGGAGAGCACATTCCAAGGCCAC
CACACACCCATTGTTCAAAAAGGCCTCCGATACGGAATAATCCTTTTCATCATCTCAGAAGTATTCTTCT
TCGCAGGTTTTTTCTGGGCCTTCTATCACTCAAGCCTGGCCCCGACCCCCGAATTGGGAGGATGCTGGCC
ACCAACAGGTATTATTCCCCTAAACCCCCTAGAGGTCCCACTACTCAATACTTCTGTGCTCTTAGCTTCC
GGAGTGTCAATCACCTGAGCCCATCATAGCCTAATAGAAGGAAATCGAAAACACATGCTCCAAGCACTAT
TTATTACAATCTCCCTAGGAGTCTATTTTACCCTCCTCCAAGCCTCTGAGTACTATGAAACATCATTTAC
AATCTCGGACGGAGTTTATGGGTCCACCTTTTTCATAGCCACAGGGTTCCACGGACTACACGTAATTATT
GGCTCTACCTTCCTAATCGTATGTTTCTTGCGCCAACTAAAATACCACTTCACATCGAGCCACCATTTTG
GATTTGAAGCCGCTGCTTGATATTGACACTTCGTAGA
>Panthera_leo_persica
ATGACCCATCAAACCCACGCATACCATATGGTTAACCCCAGCCCATGACCACTTACAGGGGCTCTCTCAG
CCCTACTGATAACCTCAGGTCTGGCTATATGATTTCACTACAACTCAACATTATTATTAACCCTAGGTAT
AACCACCAACCTACTGACTATATATCAATGGTGACGAGATATTATTCGGGAAAGCACATTCCAAGGTCAC
CACACGCCTATCGTTCAAAAAGGTCTCCGTTATGGAATAGTTCTCTTTATCATCTCGGAAGTATTCTTCT
TCGCAGGCTTTTTCTGGGCCTTCTACCACTCAAGCCTGGCCCCAACCCCCGAATTAGGAGGATGCTGGCC
ACCAACAGGTATTATTCCCCTAAACCCCCTAGAAGTCCCACTGCTTAACACTTCCGTACTTTTAGCCTCC
GGAGTATCAATTACCTGAGCCCACCATAGTTTAATGGAAGGCAATCGAAAACATATACTCCAAGCACTAT
TTATTACAATCTCCCTAGGGGTCTACTTTACCCTCCTCCAAGTCTCCGAATACTATGAAACATCATTTAC
AATCTCAGACGGGGTCTATGGATCCACCTTCTTCATAGCTACAGGATTCCACGGCCTACACGTAATTATT
GGCTCTACCTTCTTAATTGTATGTTTCTTGCGCCAACTAAAATATCATTTCACATCGAGCCACCATTTTG
GATTTGAAGCCGCTGCTTGATATTGACACTTCGTAGATGTGGTTTGACTATTCCTATACGTTTCCATTTA
TTGATGAGGATCCT
>Panthera_pardus
ATGACCCATCAAACCCACGCATACCATATGGTTAACCCCAGTCCATGGCCACTTACAGGGGCCCTTTCAG
CTCTACTGATAACTTCAGGTCTGGCTATATGATTTCACCATAACTCAATATTACTATTAACCCTAGGTAT
AACCACCAACCTGCTAACTATGTATCAGTGGTGACGAGATATTATTCGGGAAAGCACATTCCAAGGCCAC
CACACGCCTATCGTTCAAAAAGGTCTCCGTTATGGAATAATTCTCTTTATCATCTCAGAAGTATTCTTCT
TCGCAGGCTTTTTCTGGGCCTTCTACCACTCAAGCCTAGCCCCAACCCCCGAGTTAGGAGGATGCTGGCC
ACCAACAGGTATTATTCCCTTAAACCCTCTAGAAGTCCCCCTGCTTAATACCTCCGTACTTTTAGCTTCC
GGAGTGTCAATCACCTGAGCCCACCATAGCTTAATGGAAGGGAACCGAAAACATATACTCCAAGCACTAT
TTATTACAATCTCCCTAGGAGTCTACTTTACCCTTCTCCAGGCCTCCGAATACTATGAAACATCATTTAC
AATCTCAGACGGAGTCTACGGATCTACCTTCTTCATAGCTACAGGATTCCACGGCCTACACGTAATTATT
GGCTCCACCTTCTTAATTGTATGCTTCTTGCGCCAACTAAAATATCACTTCACATCGAGCCATCACTTCG
GATTCGAAGCCGCTGCTTGATATTGACACTTCGTAGATGTGGTTTGACTATTCCTATACGTTTCCATTTA
TTGATGAGGATCCT
>Puma_concolor
ATGACCCACCAAACCCACGCATACCACATAGTCAACCCCAGCCCATGGCCACTTACAGGGGCCCTTTCAG
CCCTCTTAATAACCTCAGGTCTAGCCATATGATTTCACTACAATTCAACACTATTATTAACCCTTGGAAT
AACTACTAATCTATTAACAATATACCAGTGATGACGAGACATCATTCGAGAGAGTACATTCCAAGGCCAT
CATACACCCACTGTCCAAAAAGGCCTTCGATATGGAATAATCCTCTTTATCGTCTCAGAAGTATTCTTTT
TTGCAGGCTTCTTCTGGGCCTTTTACCACTCAAGTCTAGCCCCAACCCCCGAACTAGGAGGATGCTGACC
ACCAACAGGCATTATTCCCTTAAACCCCTTAGAAGTTCCACTACTTAACACTTCTGTACTTCTAGCCTCT
GGAGTATCAATCACTTGAGCCCACCATAGTTTAATAGAAGGAAACCGAAAACACATGCTCCAAGCACTAT
TTATCACAATTTCCCTAGGAGTTTACTTCACACTCCTCCAAGCCTCCGAATATTACGAAACATCATTCAC
AATCTCAGATGGGATTTATGGGTCTACCTTCTTCATGGCCACAGGATTCCACGGACTACATGTAATCATT
GGCTCCACTTTCCTAATTGTATGCTTCTTACGTCAACTAAAATATCACTTTACATCAAACCACCACTTCG
GATTCGAAGCCGCTGCTTGATATTGACATTTCGTAGACGTAGTTTGACTATTCTTATACGTTTCCATTTA
TTGATGAGGATCTT
>Felis_catus
ATGACCCACCAAACCCATGCATACCACATAGTCAACCCTAGCCCATGGCCACTTACAGGAGCCCTTTCAG
CCCTCTTAATAACCTCAGGCCTGGCTATATGATTCCACTACAACTTAACACTGCTGTTAACCCTTGGAAT
AACTACCAACTTACTAACTATATATCAATGATGACGAGACATTATCCGAGAAAGCACATTCCAAGGCCAT
CATACACCTATCGTTCAAAAAGGCCTTCGATACGGAATAATCCTCTTTATCATCTCAGAAGTATTCTTTT
TCGCAGGCTTCTTCTGGGCCTTCTACCACTCAAGCCTAGCCCCAACCCCCGAGCTAGGAGGATGCTGACC
ACCAACAGGCATTATTCCCCTGAACCCCCTGGAAGTTCCACTACTTAATACCTCCGTGCTTCTAGCCTCC
GGAGTATCAATCACCTGAGCTCACCACAGTTTGATGGAGGGAAATCGAAAACACATGCTTCAAGCACTAT
TTATTACAATCTCTTTAGGGGTCTACTTTACACTCCTCCAAGCCTCCGAATACTATGAAACATCATTCAC
GATCTCGGACGGAGTATACGGATCTACCTTCTTCATGGCCACAGGATTCCATGGGCTACATGTAATTATT
GGCTCTACTTTCCTAATTGTATGCTTCTTACGCCAATTAAAATATCACTTTACATCAAATCACCACTTCG
GATTTGAAGCCGCCGCCTGATATTGACACTTCGTAGACGTAGTTTGACTATTCCTATACGTTTCTATTTA
TTGATGAGGATCCT
>Acinonyx_jubatus
ATGACCCACCAAACCCATGCATACCACATAGTTAACCCCAGCCCATGACCGCTTACAGGGGCCCTTTCAG
CCCTCCTTATAACCTCAGGCCTAGCTATATGATTTCACTATAACTCAACACTACTATTAACCCTTGGAAT
AACTACTAATCTATTAACAATATATCAATGATGACGAGACATCGTTCGAGAAAGCACATTTCAAGGCCAT
CATACGCCCATCGTTCAAAAAGGCCTCCGATATGGAATAATCCTCTTTATCGTCTCAGAAGTATTCTTTT
TTGCAGGCTTCTTCTGGGCCTTTTACCACTCAAGCCTAGCCCCAACCCCCGAACTAGGAGGATGCTGACC
ACCAACAGGCATTATTCCCCTAAACCCCTTAGAAGTTCCACTACTTAATACTTCAGTTCTTCTAGCCTCT
GGAGTATCTATCACCTGAGCTCACCATAGCCTAATAGAAGGAAACCGAAAACACATGCTCCAAGCACTAC
TCATTACAATCTCCCTAGGAGTCTATTTTACACTCCTCCAAGCCTCCGAATATTACGAAACACCATTTAC
GATCTCAGATGGGATTTACGGATCCACCTTCTTTATAGCTACAGGATTCCACGGACTACATGTAATTATT
GGTTCCACCTTCCTAATTGTATGCTTCTTACGCCAATTAAAATATCACTTTACATCAAATCATCATTTCG
GGTTCGAAGCCGCTGCTTGATATTGACATTTCGTAGATGTAGTTTGACTATTCTTATACGTTTCCATTTA
TTGATGAGGATCTT

Setelah mendapatkan gen tersebut, maka kita akan meng-aligment sekuen gen-gen tersebut secara online terlebih dahulu melalui situs dari EBI [klik di sini]. Selanjutnya pilih menu TOOLS > Sequence Analysis > ClustalW2 seperti pada gambar berikut:
Setelah itu akan muncul tanpilan seperti gambar berikut:
Paste kode gen DNA di atas ke Step 1 dan jangan lupa pilih menu “DNA” pada pilihan “Enter or paste a set of … “. Selanjutnya untuk Step 2 dan Step 3 diabaikan saja dan kemudian klik SUBMIT dan tunggu sejenak maka akan muncul hasil alignment seperti gambar berikut:
 
Hasil tersebut merupakan proses alignment berbagai macam sekuens DNA dari organisme yang berbeda. Hasil tersebut menggambarkan bahwa ada sekuens yang sama pada setiap urutan yang ditandai dengan tanda bintang (*) sementara sekuens yang tidak terdapat tanda bintang berarti ada sekuens yang tidak sama.
Semoga Bermanfaat.
Mh Badrut Tamam

Mh Badrut Tamam

Lecturer
Science Communicator
Governing Board of Generasi Biologi Indonesia Foundation

Tidak ada komentar

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *

Arsip

Kategori

Kategori

Arsip

LAINNYA
x