Pengertian Alignment

Kalau kita berkecimpung dalam mempelajari bioinformatika, maka proses alignment adalah salah satu teknik yang sering digunakan untuk menganalisis sekuens DNA, RNA, maupun protein. Pengertian alignment sendiri adalah pensejajaran atau penjejeran sekuens DNA, RNA, atau protein berdasarkan homologi sekuens tersebut dengan tujuan untuk mengidentifikasi sekuens yang memiliki kesamaan serta menganalisis persamaan sekuens tersebut yang nantinya dikaitkan dengan analisis fenetik, evlousi dan lain sebagainya.

Untuk memahami proses alignment saya buat analogi yakni ketika kita mau menjejerkan sekelompok orang, maka kita akan menjejerkan orang tersebut berdasarkan anggota tubuh yang sama. Misal kaki disejajarkan dengan kaki, kepala disejajarkan dengan kepala dan bukan sebaliknya. Begitu juga hal ini berlaku dalam proses alignment suatu sekuens DNA. RNA, dan protein.

Pada era digital saat ini, proses alignment dapat dilakukan dengan menggunakan software maupun dilakukan secara online. Untuk latihan alignment silakan klik [di sini]. Proses alignment didasarkan pada suatu asumsi dasar yakni adanya homologi suatu sekuens. Homologi ialah suatu ciri yang berasal dari nenek moyang (ancestor) yang kemudian diwariskan oleh keturunannya (descendants). Ciri tersebut dapat mengalami perubahan baik penghilangan (delesi) maupun adanya penambahan (insersi) pada suatu sekuens pada generasi berikutnya (Gambar 1).

Gambar 1. Proses alignment pada sekuens DNA (Klik gambar untuk memperbesar)