Isolasi RNA

Isolasi RNA messenger (mRNA) adalah salah satu teknik dasar biologi molekular yang digunakan untuk mengetahui ekspresi suatu gen baik pada hewan maupun tumbuhan. RNA messenger adalah hasil transkripsi DNA dengan tujuan untuk ditranslasi menjadi protein.

Hasil transkripsi DNA yang berupa RNA messenger tersebut memiliki peran penting terhadap ekspresi suatu gen dan biosintesis protein. Semua komponen di level selular hingga individu dikendalikan oleh ekspresi gen, sehingga dengan mempelajari  RNA sebagai parameter biokimia sel diharapkan untuk mengetahui level  transkriptomik suatu organisme.

Banyak sekali faktor yang mempengaruhi kuantitas dan kualitas RNA yang dihasilkan ketika ektraksi / isolasi RNA dilakukan pada jaringan tumbuhan. Ekstraksi RNA tumbuhan dari sampel daun akan memberikan hasil yang lebih besar daripada akar dan batang. Keberadaan senyawa karbohidrat, fenolik, antosianin, atau metabolit lain juga dapat menurunkan RNA yang dihasilkan baik dalam segi kuantitas maupun kualitas (Purwestri et al., 2012). 

Prinsip Isolasi RNA sebenarnya tidak jauh berbeda dengan isolasi DNA yang sudah dijelaskan dalam tulisan sebelumnya di “Ekstraksi DNA“. Prinsip isolasi RNA meliputi tiga hal, yaitu: Ekstraksi RNA, Pemurnian RNA, dan Presipitasi RNA. Isolasi RNA dapat dilakukan dengan mudah menggunakan Kit Isolasi RNA. Penggunaan Kit Isolasi RNA memberikan hasil isolat RNA yang lebih murni dari kontaminan dan dari degradasi RNA.

Setelah dilakukan isolasi RNA, maka tahapan selanjutnya yakni karakterisasi molekular suatu gen yang dapat dilakukan dengan langkah berikut:

Penjelasan bagan tersebut yakni setelah isolasi RNA dilakukan, maka proses selanjutnya adalah pengukuran konsentrasi RNA yang telah diisolasi menggunakan spektrofotometri pada panjanggelombang λ260. Kemudian dilakukan sintesis copy DNA (cDNA) menggunakan Reverse Trancriptase PCR (RT-PCR). RT-PCR berbeda dengan PCR biasa karena ada penambahan enzim Reverse Trancriptase pada proses PCRnya. Penambahan enzim Reverse Trancriptase bertujuan agar RNA yang telah diisolasi dapat digandakan dalam bentuk cDNA. Proses PCR ini tidak jauh berbeda dengan PCR pada umumnya, yaitu meliputi denaturation, annealing, dan elongation (Silahkan dibaca tulisan tentang Teknik PCR).