Berikut adalah pangakalan database biologi molekular yang ada di dunia:
GenBank
Web: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank
Keterangan: Pusat database sekuens
European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
Web: www.ebi.ac.uk/embl/
Keterangan: Pusat database sekuens
DNA databank of Japan (DDBJ)
wb: www.ddbj.nig.ac.jp
Keterangan: Pusat database sekuens
RefSeq
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
Sekuens nonredundan dari GenBank
Alternative splicing and transcript diversity database (ASTD)
Web: www.h-invitational.jp/h-dbas
Keterangan: cDNA Manusia yang sudah di-splicing
RepBase
Web: http://www.girinst.org/server/RepBase
Keterangan: Sekuens repetisi pada eukariotik
STRBase
Web: www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/
Keterangan: Sekuens tandem yang pendek
TIGR plant repeat database
Web: www.tigr.org/tdb/e2k1/plant.repeats
Keterangan: Sekuens repetisi pada tanaman
ACLAME
Web: aclame.ulb.ac.be
Keterangan: Elemen genetik mobile pada prokarotik
ISfinder
Web: http://www-is.biotoul.fr
Keterangan: Sekuens insersi dari eubakteri dan archaea
MICdb
Web: http://www.cdfd.org.in/mica
Keterangan: Mikrosatelit pada prokariota
TRANSFAC
Web: http://www.generegulation.com/
Keterangan: Transcription factor binding sites
PlantCARE
Web: http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html
Keterangan: Elemen regulasi pada tanaman
RegulonDB
Web: http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb
Keterangan: Gen regulasi pada E. coli
Rfam
Web: www.sanger.ac.uk/Software/Rfam
Keterangan: Struktur ncRNA dan elemen regulator
NONCODE
Web: www.noncode.org
Keterangan: ncRNA dari semua spesies
RNAdb
Web: research.imb.uq.edu.au/rnadb
Keterangan: ncRNA pada mamalia
fRNAdb
Web: www.ncrna.org
Keterangan: Meta-database ncRNA
UTRdb/UTRsite
Web: www.ba.itb.cnr.it/UTR
Keterangan: Eleman pada UTR (untranslated regions)
PolyA_DB
Web: polya.umdnj.edu
Keterangan: Polyadenylation
IRESdb
Web: www.rangueil.inserm.fr/IRESdatabase
Keterangan: Ribosom internal
dbRES
Web: bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/dbRES
Keterangan: Editing RNA
European Ribosomal Database
Web: bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/rRNA
Keterangan: Subunit besar dan kecil rRNA
Ribosomal Database Project
Web: rdp.cme.msu.edu
Keterangan: Subunit besar dan kecil rRNA
5S ribosomal RNA database
Web: www.man.poznan.pl/5SData
Keterangan: 5S rRNA
Sprinzl’s tRNA compilation
Web: www.tRNA.uni-bayreuth.de
Keterangan: tRNA
SRPDB
Web: rnp.uthct.edu/rnp/SRPDB/SRPDB.html
Keterangan: Signal recognition particle RNA
tmRDB
Web: rnp.uthct.edu/rnp/tmRDB/tmRDB.html
Keterangan: mRNA / tRNA
Group I intron sequence and structure Database (GISSD)
Web: http://www.rna.whu.edu.cn/gissd/
Keterangan: Group I self-splicing introns
Group II intron Database
Web: www.fp.ucalgary.ca/group2introns
Keterangan: Group II self-splicing introns
mirBase
Web: microrna.sanger.ac.uk
Keterangan: Sekuens miRNA
Flybase
Web: http://flybase.org/
Keterangan: Informasi gen Drosophila
Uniprot
Web: http://uniprot.org/
Keterangan: Database protein
Ensembl
Web: http://ensembl.org
Keterangan: Genom dan produk gen eukariotik
PhosphoSitePlus
Web: http://phosphosite.org/
Keterangan: Modifikasi pasca-translasi sekuens protein
Penulis:
Mh Badrut Tamam
Leave a Reply